水下清淤通常指将清淤机具装备在船中，由清淤船做为施工平台在水面上操控清淤设备将淤泥开挖，并根据管道输送系统传至岸上堆场中。水下清淤施工方式可分成抓斗式清淤和泵吸式清淤。

一、抓斗式清淤:运用抓斗式挖泥船开挖河底淤泥，根据抓斗式挖泥船前臂抓斗伸进河底，运用油压驱动抓斗插进底泥并闭斗获取水下淤泥，以后提高回转并打开抓斗，将淤泥直接卸入靠泊在挖泥船舷旁的驳泥船中，开挖、回转、卸泥循环作业。清理的淤泥根据驳泥船运输至淤泥堆场，从驳泥船卸泥依然需要运用岸边抓斗，将驳船上的淤泥挪到岸上的淤泥堆场中。

二、泵吸式清淤:也称之为射吸式清淤，它将水力冲挖的水枪和泥浆泵另外装在一个圆筒状罩子里，由水枪射水将底泥搅拌成泥浆，根据另一边的泥浆泵将泥浆吸出，再经管道送至岸上的堆场，全套机具都装备在船只上，一面移动一遍清除。而另一种泵吸法是运用压缩空气为动力开展吸排淤泥的方式，将圆筒状下端有开口泵筒在重力作用下沉到水底，陷于底泥后，在泵筒内施加负压，软泥在水的静压和泵筒的真空负压下被吸入泵筒。然后根据压缩空气将筒内淤泥压入排泥管，淤泥经过排泥阀、输泥管而输送至运泥船中或岸上的堆场中。